当山は､臨済宗東福寺（とうふくじ）派大本山東福寺の直末（総本山直属の末寺）として､建治二年（1276年）開基（かいき）常陸国（ひたちのくに）守護佐竹常陸介義胤公､開山は東福寺開山円爾弁円大和尚｢勅諡（ちょくし）聖一国師（しょういちこくし）｣により開創されました名刹です｡

　二世 南山士雲（なんざん しうん）大和尚は､建長寺（けんちょうじ）二十世･東福寺十一世を勤められました｡

　
　三世 乾峯士雲（けんぽうしどん）大和尚｢廣智国師（こうちこくし）｣は､建長寺二十三世､円覚寺（えんがくじ）二十五世･臨済宗東福寺派大本山東福寺十七世を勤められました｡

　
　天保六年の夜､失火に遭い､現山門を残し消失しましたが幸いにも御本尊｢十一面観世音菩薩｣､聖一国師作と伝えられる守護神御本体｢茶枳尼天宇賀神王尊（だきにてんうがじんわうそん）｣は消失を免れ､前住東福後住南禅宗祖辰禅師書｢稲荷山｣の山門扁と共に現存しているものの､当山に関する記録文書等は大方消失し現存しておりません｡

　
　天保の火災から8年後の天保14年（1843年）には､25世･567年続いた松吟寺も水戸藩の廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）の措置により廃寺･無住の寺となりました｡その後､水戸藩主徳川頼房公が御参拝になられ鐘楼を御寄進されました｡しかし､その鐘楼も戦時中の｢金属供出｣により失われました｡

　
　明治40年（1907年）廃寺になってから約60年が経過した松吟寺に埼玉県･観音院より喚山哲応和尚が入寺（昭和9年遷化）され復興のための準備を行いました｡哲応和尚は､遷化されるまでの14年間を松吟寺で過ごし､住居兼本堂のような小さな1棟で法務にご尽力されました｡

　
　 昭和27年（1952年）117年ぶりに本堂を再建しました｡大本山東福寺派第299世管長　晦宗恵鏡（まいじゅうえきょう）大和尚を中興開山（松吟寺初代住職）とし､縣知事より宗教法人｢稲荷山松吟寺｣の認証を受けることができました｡その後､南昌賢童和尚（松吟寺第2世）に引き継がれました｡

　
　昭和11年（1937年）現･行方市皇徳寺より南昌賢童和尚が入寺（平成8年遷化）されました｡当時は､常陸太田市の正宗寺（円覚寺派）が本寺であり､その末寺にして頂き法務を行っておりました｡賢童和尚は､松吟寺の他に､城里町の霊源寺､常陸太田市の耕山寺､同市の高長寺を兼務し､多忙な日々を送りました｡